Profesor Charles Xavier dan timnya superhero genetik berbakat menghadapi pasang naik sentimen anti-mutan yang dipimpin oleh Kolonel William Stryker dalam sekuel ini ke blockbuster X-Men berbasis Komik Marvel. Storm, Wolverine dan Jean abu-abu harus bergabung nemeses biasa mereka Magneto dan Mystique untuk melepaskan dr engsel skema Stryker untuk memusnahkan semua mutan.